Para el manejo operativo, Zamorano cuenta con un Consejo Ejecutivo integrado por las direcciones siguientes: Dirección de Avance Institucional; Dirección de Efectividad Institucional; Dirección de Finanzas; Dirección de Planta Física; y Dirección de Recursos Humanos. Dentro de las mismas direcciones se encuentra varias gerencias.
| Nombre | Puesto |
|---|---|
| Roberto Cuevas García | Rector |
| Raúl Espinal | Decano Académico |
| Annie Cardona | Directora de Recursos Humanos_ |
| Donaldo Chávez | Director de Planta Física y Servicios |
| Raúl Zelaya | Director de Avance Institucional a.i. |
| Elida Howell | Directora de Finanzas_ |
| Sulma Santos | Gerente de Relaciones Gubernamentales |
| Raúl Zelaya | Director de Efectividad Institucional |
