Para el manejo operativo, Zamorano cuenta con un Consejo Ejecutivo integrado por las direcciones siguientes: Dirección de Avance Institucional, Dirección de Efectividad Institucional, Dirección de Finanzas, Dirección de Planta Física y Servicios. y Dirección de Recursos Humanos. Dentro de las mismas direcciones se encuentra varias gerencias.
El Consejo Ejecutivo esta conformado de la siguiente manera:
Decanatura Académica y Departamentos
| CARGO | NOMBRE |
| Decano Académico | Dr. Luis Osorio |
| DEPARTAMENTOS |
| Directora del Departamento de Agroindustria Alimentaria | Dr. Mayra Márquez |
| Director del Departamento de Ciencia y Producción Agropecuaria | M.Sc. Rogel Castillo |
| Directora del Departamento de Currículo General | Dra. Adela Acosta |
| Directora del Departamento de Ambiente y Desarrollo | M.Sc. Erika Tenorio |
| Director del Departamento de Administración de Agronegocios | MF. Rommel Reconco |
| UNIDADES |
| Decana Asociada de Gestión y Calidad Académica | Dra. Ana Margarita Maier |
| Decano Asociado de Estudiantes | Dr. Jorge Cardona |
| Jefe de Desarrollo Curricular y Docente | M.Sc. Rosa A. Zelaya |
| Jefe de Evaluación y Acreditaciones | Lic. Syntia Argueta |
| Coordinador General del Aprender Haciendo | Ing. Jorge Chavarría |
| Jefe de Biblioteca | MED. William Pedraza |
| Gerente de Admisiones | MAP. Ivanna Vejarano |
| Jefe de Registro y Asistencia Financiera | MAE. Hugo Zavala |
| Consejera Estudiantil | Lic. Zelenia Eguigure |
| Coordinadora de Asuntos Estudiantiles-Ombudsperson | Lic. Cynthia Brenes |
| Jefe de Tecnología de Información | Ing. Mauricio Matamoros |
Dirección Financiera
| CARGO | NOMBRE |
| Directora Financiera | MF. Elida Howell |
| Jefe Contabilidad, Proyectos y Presupuestos | MF. Edgar Velasquez |
| Analista de Operaciones Financieras | Lic. Henry Paz |
| Jefe de Tesorería | Lic. Jaime Cardenas |
| Jefe Compras y Suministros | Lic. Melvin Alvarado |
Dirección de Recursos Humanos
| CARGO | NOMBRE |
| Directora de Recursos Humanos | MRH. Alexandra Alemán |
| Coordinador Relaciones Laborales | Abog. Carlos Antonio Díaz Sanchez |
| Coordinadora de Compensaciones | Ing. Sandra Díaz |
| Coordinador de la Unidad de Higiene y Seguridad Ocupacional | Ing. César Tábora |
Dirección de Desarrollo Institucional
| CARGO | NOMBRE |
| Director de Desarrollo Institucional | |
| Gerente de Mercadeo, Imagen y Comunicaciones | MMK. Manlio Ceroni |
| Gerente de Relaciones Gubernamentales | Lic. Sulma Santos |
| Oficial de Donantes para Honduras | Lic. Alejandro Osorio |
| Gerente de Responsabilidad Social Universitaria | – |
| Coordinadora de Vinculación con Zamorano | M.Sc. Maria Jose Baires |
| Coordinadora de Eventos y Visitas | Sra. Gloria de Rojas |
| Relaciones con donantes | Addyansel Colombina Bueso |
| Oficial de Desarrollo y Gestión de Proyectos | Ing. Isaac Ferrera |
Representaciones Internacionales
| CARGO POR PAÍS | NOMBRE DEL REPRESENTANTE |
| Representante de Zamorano en Bolivia | Lic. Ana Claudia Alí C. |
| Representante de Zamorano en Guatemala | Rozzanna Pappa |
| Representante de Zamorano en Panamá | Humberto Serrud |
| Representante de Zamorano en Ecuador | Ing. Adolfo Mariscal |
| Asistente Administrativa en Ecuador | Ana Lucía Pérez |
| Representante de Zamorano para El Salvador | Ing. Marco Granadino |
| Coordinadora de Desarrollo Institucional El Salvador | Johana Oporta |
Dirección de Planta Física y Servicios
| CARGO | NOMBRE |
| Director de Planta Física y Servicios | MF. José Donaldo Chávez |
| Gerente de Mantenimiento | Ing. Jorge Eduardo Rivera |
| Gerente de Servicios Universitarios | Ing. Carlos Daniel Santos |
| Gerente de Tierras | Ing. David Moreira |
| Gerente de Diseño Y Construcciones | Ing. Javier Madrid |
